Title image 灯火に飛来したミヤマクワガタ(北海道・十勝)
Lucanus maculifemoratus Motschulsky, 1861

日本産コガネムシ上科甲虫DNA barcodeデータベース(JScaBOL)にようこそ!

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JScaBOLは、日本産コガネムシ上科甲虫DNA barcodeデータベースです。このデータベースには、日本産と近縁な外国産分類群や日本周辺地域のコガネムシ上科甲虫についても含めています。DNAバーコードは特定の遺伝子領域の短い塩基配列を用いて生物種の同定を促進する手法で、動物では、ミトコンドリアゲノム上のCOI遺伝子の5′端の約650塩基長が標準的なバーコード領域とされています。昆虫類ではチョウ目、ハエ目、ハナバチ類等で進められています。

JScaBOLはDNAバーコードデータとして、LCO/HCOやLepF1/LepR1プライマーなどを用いた動物に一般的なCOIバーコード領域、およびこの領域内にあたるCOIS/COIAプライマーの領域を用いています。JScaBOLのデータ数は2014年2月末現在66件(国外8件含む)あります。これらのデータはいずれもbarcodeデータとともに、その証拠標本がGBIF(地球規模生物多様性情報機構)の標準書式 Darwin Core に従って作成され、学名、採集年月日、採集地、採集者等40項目を収録しています。今後順次データを蓄積し公開の予定です。


JScaBOLは、テキストデータベース管理システムSIGMAにより運用されています。

本データベースは日本学術振興会の科学研究費研究成果公開促進費(データベース)(代表者:多田内 修)の補助を受けています。

本データベースは、研究・教育用に無料で公開しています。




データの項目

データの項目とタグは下記の40項目です。

1.(DATE)Date Last Modified
2. (SID) DNA Sample ID
3. (JScaBOLID)JScaBOL ID
4. (GenBank) GenBank Accesssion No.
5. (BOLD) BOLD ID
6. (GEN) Genome
7. (LOCUS) Locus
8. (PCR) PCR Primers
9. (SEQ) Sequence
10. (IST) Institution Code
11. (COLC) Collection Code
12. (NAME) Scientific name
13. (JPNAME) Japanese name
14. (BR) Basis of Record
15. (KING) Kingdum
16. (PHY) Phylum
17. (CL) Class
18. (OR) Order
19. (FAM) Family
20. (GEN) Genus
21. (SP) Species
22. (SSP) Subspecies
23. (AU) Scientific Name Author
24. (IDENT) Identification By
25. (YIDENT) Year Identified
26. (TYPES) Type Status
27. (COL) Collector
28. (COLD) Collecting Date
29. (C) Country
30. (STATE) State Province
31. (COUNT) County
32. (LOC) Locality
33. (LON) Longitude
34. (LAT) Latitude
35. (SEX) Sex
36. (TYPE) Preparation Type
37. (RCAT) Related Catalog Item
38. (SDEP) Specimen Depository
39. (PUB) Publication
40. (NOTE) Notes


レコードの実例


Date Last Modified  
DNA Sample ID Bep1
JScaBOL ID  
GenBank Accesssion No. AB700004
BOLD ID  
Genome Mitochondrial
Locus COI (cytochrome c oxidase subunit I)
PCR Primers LepF1/LepR1
Sequence GGAATAATTGGAACTTCACTAAGAATTTTAATTCGAAGAGAATTAGGACACCCTGGTTCTTTAATTGGAAATGACCAAAT TTATAATGTAATTGTTACAGCTCATGCATTTATTATAATTTTTTTTATAGTTATACCAATTATAATTGGAGGGTTTGGAA ATTGACTAGTTCCTTTAATATTAGGAGCCCCTGATATAGCTTTCCCTCGAATAAATAATATAAGTTTTTGACTACTTCCT CCTTCTTTAATAATTTTATTATCAAGTAGAATAGTAGAAAATGGATCTGGAACAGGATGAACAGTTTACCCTCCTTTATC ATCAGTAATTGCTCATGGAGGAGCATCTGTTGATTTAACAATTTTCTCTCTTCATTTAGCTGGAATTTCTTCTATTTTAG GAGCAGTAAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGATCAATAAATTTTTCATTAAATTTTATTCCTTTATTTGTTTGA TCAGTAATTATTACAGCTTTGTTACTTTTATTATCTTTACCAGTATTAGCTGGAGCAATTACTATATTATTAACGGATCG AAATTTAAATACATCTTTTTTTGA
Institution Code BLKU
Collection Code  
Scientific name Bessa parallela (Meigen)
Japanese name ムラタヒゲナガハリバエ
Basis of Record  
Kingdum Animalia
Phylum Arthropoda
Class Insecta
Order Diptera
Family Tachindae
Genus Bessa
Species parallela
Subspecies  
Scientific Name Author (Meigen)
Identification By Takuji Tachi
Year Identified 2010
Type Status  
Collector Takuji Tachi
Collecting Date 18/07/2005
Country JP(JAPAN)
State Province Fukuoka
County  
Locality Fukuoka City, Mt. Sefuri
Longitude  
Latitude  
Sex F
Preparation Type Normal
Related Catalog Item  
Specimen Depository Kyushu University
Publication Molecular phylogeny and host use evolution of the genus Exorista Meigen (Diptera: Tachinidae). Molecular Phyloge
Notes  


参考資料

出版物・利用マニュアル・解説として、下記のものがあります。

   Tadauchi, O., C. Hirosawa, H. Inoue, T. Sugimoto, R. Murao, N. Takahashi, S. Sato, K. Mitai and Y. Hara, 2009. Specimen database AIIC, Asian insect information center database, based on types and normal specimens collected in Asia and the Pacific Area, Part 1. Esakia, (49): 1-5.



著作権

本データベースの著作権は、昆虫学データベース作成グループ(代表:多田内修、編集者:細谷忠嗣、荒谷邦雄、システム管理: 井上仁、上塘深)に帰属します。本データベースの複製・転載・販売等の二次利用を堅くお断りします。



連絡先

利用法などのお問い合わせは下記宛に、メールでお願いいたします

812-8581 福岡市東区箱崎6-10-1
九州大学農学研究院昆虫学教室内
JScaBOL データベース係(担当: 多田内 修)
E-mail: tadauchi@kyudai.jp


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